(1)抗虫棉自留种的纯度降低，抗虫性能和产量明显下降棉花属常异交作物，异花授粉率一般10%左右，高者可达20%。因此，要保证棉种的纯度，抗虫棉的繁种田周围需设置宽500米以上的隔离带，在隔离带内不能种植棉花。如不设置这样的隔离带，其他棉花的花粉就会造成繁种田的棉种出现混杂。这样的隔离防杂要求，对于一家一户的棉农来说是很难做到的。对于常规棉来说，稍有点混杂，造成的损失不显著。可对抗虫棉来说，少量混杂便可造成较大损失。因为目前种植的抗虫棉，均对3龄以上棉铃虫幼虫的杀灭作用较差。混入的杂株不抗棉铃虫，棉铃虫不但在其上存活为害，而且还会向周围抗虫棉株上迁移为害，为害较重时，若不及时防治，就会造成明显减产。若棉农误认为自留抗虫棉种的后代与从原正规种子繁育单位所购种子一样，种植后不加强田间去杂和虫情监控，其损失必将十分惨重。
(2)杂交抗虫棉只能种植杂交第一代种，不能种植杂交第二代种 常规抗虫棉品种，只要搞好提纯复壮，不需搞杂交制种便可多年种植。而杂交抗虫棉类型，只能种植杂交第一代，需建立制种田，每年都需要配制杂交一代用于大田生产。种植的杂交第一代所产的种子便是杂交第二代。若将杂交二代种用于生产，田间长出的棉株便出现严重分离，株形各异，抗虫性能和产量品质大幅下降。因此，种植杂交抗虫棉不能留种，需年年购买杂交一代种用于生产。
(3)自留种的种子加工质量差 国家种子企业生产的抗虫棉种，是按照国家棉种繁育程序和质量标准进行生产的，采用先进的种子加工设备，严格的质量检测，质量合格后才能经销。棉种经过机械淘汰筛选、硫酸脱绒、种衣剂包衣、分袋包装等多道工序加工而成。国家种子企业生产种子的这些质量标准，棉农自留的毛籽是根本做不到的。种的纯度或Bt基因含量下降。
