包衣棉种是经过脱绒、分级精选、用种衣剂包被、包装并有商标的优质商品种子。与毛子相比，包衣棉种具有以下几个特性。
(1)有利于提高发芽率种子内的品质好，如籽粒饱满，均匀一致，子指（100粒棉籽重量）大，健籽率高，含水量符合标准，发芽率高等。
(1)有利于提高发芽率种子内的品质好，如籽粒饱满，均匀一致，子指（100粒棉籽重量）大，健籽率高，含水量符合标准，发芽率高等。
(2)有利于防病、治虫、保苗按区域苗期病虫害防治对象和发生程度，选择不同的杀虫剂和杀菌剂复配成种衣剂进行包衣，因而包衣棉种能防治棉花苗期主要病害，如立枯病、猝倒病和炭疽病等，能防治苗期主要害虫，如苗蚜、蓟马和地下害虫。一般药效持续时间为45～55天。有的还根据区域棉田土壤养分含量，复配适量的微量元素，以及根据棉花培育壮苗的需要，复配适量的植物生长调节剂。
(3)有利于机械播种 实现精量或半精量播种，省种、省工，提高播种质量。
(4)有利于保护环境 用脱绒包衣棉种播种属于地下隐蔽施药，药量少、药效长，既防治了苗期病虫害，又保护了天敌和环境。
(5)有利于净化棉花种子市场 由于种衣剂有毒，为了包衣棉种的安全，在包衣剂成分中增加了警戒色，故包衣种子呈红色或绿色。便于区分种子优劣，可有效地防止伪劣种子上市，净化种子市场。
(6)注意事项尽量选用正规厂家生产的脱绒包衣种子，包衣种子播种前不能浸种，也不要与其他农药、化肥混合，以免发生变化造成药害，影响出苗。未经精加工的种子最好不要用，如果要用，需精选，首先剔除毛子、白子、绿子、瘪子、破子、虫子等，播前半个月进行晒种，播前用药剂拌种。常用的药剂和处理方法是按10千克棉种用50%多菌灵可湿性粉剂50克加50%福美双可湿性粉剂30克拌种。包衣种子不耐贮藏，应当年包衣当年使用。因包衣种子有毒，使用时要搞好自我保护，严防中毒事故发生。剩余种子不能榨油或用作饲料，以防人畜中毒，应深埋处理。
