引发萎缩性鼻炎的原因至今尚未完全明了，一般认为有原发性和继发性两类。在原发性方面，一般认为萎缩性鼻炎是全身性疾病在鼻部的表现，可能与缺乏脂类及脂溶性维生素，或与营养障碍、微量元素缺乏或不平衡、遗传因素、结缔组织病等有关；亦可能与内分泌失调有一定关系，因为多发于女青年，并在月经期症状加重。近年来，随着免疫学的发展，发现本病患者大多有免疫功能紊乱，故有人认为本病可能是一种免疫性疾病。
在继发性方面，可因多次或不适当的鼻腔手术所致的鼻黏膜广泛损伤、将鼻甲切除过多，以及鼻腔黏膜受到外伤引起；也可因患特殊传染病（如结核、硬结病、麻风、梅毒等）对鼻黏膜的损害所致。慢性鼻炎、慢性鼻窦炎脓性鼻涕的长期刺激，高浓度有害粉尘、气体的长期刺激，以及长期处在于燥、高热的环境中等，也可引起萎缩性鼻炎。鼻窦及鼻咽部恶性肿瘤放射治疗后，也容易引发萎缩性鼻炎。另外，曾有人提出本病是由于特殊细菌的感染，如臭鼻杆菌或类白喉杆菌感染所引发，现在认为这些细菌不是真正的病原菌，仅为萎缩性鼻炎的继发感染。
