(1)错用农药品种一些农户在使用农药时没搞清楚农药的名称、防治对象，便盲目施药，极易造成药害。如错将除草剂当杀虫剂、杀菌剂使用，将稻田、麦田除草剂当成棉田除草剂使用，棉田土壤处理的除草剂当成茎叶处理的除草剂使用，都可能造成棉苗受害。另外，在棉田附近使用对棉花有害的除草剂也可能因除草剂的飘移和挥发而对棉株产生伤害。
(2)农药质量低劣 由于农药特别是复配剂农药生产工艺简单、生产技术含量低、机械资金投入少而利润又较高，故许多不具备农药生产条件的小农药厂应运而生，他们生产的农药常常杂质多、质量差，且又由于价格相对较便宜而受农民欢迎，这类农药使用后也易造成药害。此外，农药保管不善，贮藏时间过长，也易引起水剂沉淀、乳油分层、粉剂结块而造成药害。
(3)药剂使用过量棉花对农药有一个承受极限量，超过这一极限，就会发生药害。由于棉铃虫抗药性增大、农药防治效果差等原因，有的农户盲目加大用药量，有的用药量比适宜用药量提高5～10倍甚至以上，从而造成棉株中毒；有的农药重复喷药、连续多次使用，也会造成棉株因农药积累过多而发生药害。
(4)使用方法不当 一是使用除草剂后容器不冲洗或冲洗不净就施用农药造成药害；二是混合施药不当，将能产生化学反应的农药品种混合施用，也易产生药害；三是喷药不均匀造成局部农药浓度过高而产生药害；四是使用时间不对，棉株越大对农药的耐药性越强，苗期使用对棉花敏感的除草剂易产生药害，应低位喷雾的除草剂也常溅到棉叶上造成药害。另外，气候、土壤等条件不利时也有可能造成药害。
(5)农药的代谢物和残留农药一般残效期都较长，由于前茬使用的药剂在土壤的残留量大，积累到一定程度，就会发生棉田药害。如长期使用绿麦隆的麦田或一次使用过量绿麦隆都会对后茬棉花产生危害。另外，有些农药虽然本身对棉株没有什么伤害作用，但其在土壤中的分解代谢产生也可能影响棉株的生长。
