为了使药枕能达到应有的治疗保健效果，避免不良反应发生，在应用药枕疗法调治鼻炎时，除应注意药物的选择、加工处理及药枕的制作方法外，还应做到正确地使用药枕。
(1)辨证选用药枕：不同的药枕有不同的使用范围，要根据中医辨证结果正确选择药枕，不能不加分析地乱用。虽然药枕疗法无特殊禁忌证，无明显不良反应，老少皆宜，但若使用不当，不仅难以达到应有的疗效，还会给身体造成不适，因此应在医生的指导下正确使用药枕。对药物过敏者禁用药枕疗法，孕妇禁用辛香、活血、通络之药物。
(2)注意枕用时间：应注意药枕的枕用时间，药枕是通过睡觉时枕用以达到防治疾病目的的，一般每天至少要枕用6个小时以上。由于药枕疗法显效较慢，常需数天或更长的时间方能见效，所以使用药枕不能急于求成，要有耐心，做到持之以恒，缓图以功。
(3)处理各种不适：使用药枕后若出现头晕头痛、恶心呕吐、荨麻疹、皮肤潮红、皮肤发痒等症状，应停止使用，必要时给予对症处理。为了减少药枕疗法引起的口、鼻、咽干燥，口渴欲饮等症状，最好在每次枕用前饮1小杯温开水，并在白天适当增加一些饮水量。
(4)定期更换药物：注意保持药枕干燥、清洁，每夜枕用后应用塑料袋装好密封存放，防止有效成分散发，并置于阴凉干燥处存放，以防霉变。一般药枕使用2～3周后，应置于阳光下晾晒1次（1小时左右），以保持枕形及药物的干燥度。
(5)配合其他治法：药枕虽好，但其作用有限，在应用药枕疗法调治鼻炎时，应注意与药物、针灸、饮食调养等其他治疗调养方法配合，以发挥综合治疗的优势，提高临床疗效。
