经颅磁刺激治疗仪主要通过中枢神经系统的治疗帽起作用，调节大脑中的α波，改善脑血管舒缩失衡，改变皮层神经元的脑膜电位，并进行刺激。脑组织中的神经细胞活动恢复受损神经细胞的节律活动，从而达到治疗相应疾病的目的。
经颅磁脉冲电磁场可以穿透无创评估颅骨和血脑屏障。电磁能直接作用于脑组织和细胞，为脑细胞增加电磁能和电能，增加细胞膜的通透性，促进细胞代谢。迈通研发的经颅磁刺激仪还可以修复受损的脑细胞，促进新神经元的发育和生长，改变神经网络中错误的信号连接，加速神经网络重建，加速大脑神经功能的改善。这是其他物理方法无法实现的。
注意事项
1.孕妇禁用。
2.磁疗有副作用者禁用。
3.颅内感染或颅内肿瘤患者禁用。
4.严重精神疾病、患者禁用。
5.全身及颅内出血急性期患者禁用。
6.禁止使用植入颅内血管的金属支架。
7.生活特征不完善者或发热患者禁止使用。
高频、高强度重复经颅磁刺激可提高大脑皮层受刺激部位的代谢水平，极大地兴奋受刺激部位的神经，增加大脑皮层的兴奋性。频率刺激则相反，可以抑制大脑皮层。通过双向平衡大脑的兴奋性和抑制性，实现治疗多种精神疾病的目标。针对不同患者的不同病症、症状、脑功能，医生会调整不同的治疗强度、频率、刺激位置等方式，以达到良好的治疗效果。