在棉花出苗时，常会出现一些畸形棉苗，尤其是育苗的苗床上，畸形苗的概率要比大田直播的高得多。这些棉苗个体发育不良，很难生长成健壮幼苗，严重的引起死苗，造成缺苗断垄，影响整齐度。棉花生产上常见的畸形苗及发生原因如下。
(1)带壳苗子叶出土时棉籽壳未能脱掉。主要原因是播种过浅，子叶出土时膨压小，尤其是用未经浸种的毛子播种和在墒情不足的棉田易出现此类棉苗。
(2)跷脚苗胚根伸出后突破表土向上生长，形成根的负向地性。主要原因是播种时深浅不一，苗床覆土薄厚不均，造成部分棉籽外露，易出现此类棉苗。播种时棉籽大头朝下，胚根出土后即朝土表跷起。
(3)胖脚苗棉苗出土后子叶小、幼茎肥大。主要是由播种过深或苗床覆土过厚，棉苗出土时胚轴细胞膨压增大，子叶养分消耗过多而形成的。此外肥水条件好、光照不足也易出现此类棉苗。
(4)缩叶苗 出苗后子叶皱缩成团。主要是由在出苗过程中突然遭遇低温冻害而造成的。
(5)鸡爪苗主要出现在育苗的苗床上，子叶形成缺刻畸形。章算具由焙蜘生搀调节鞠I临田不当浩甫的
(6)锈苗 幼根尖端产生锈斑以致腐烂。主要是由播种时覆土镇压过紧或地下水位过高、土壤湿度过大，出苗时氧气不足造成的。
(7)线状苗和团状苗 出土幼苗纤弱或成团。主要是由营养钵直径过小、播量过大、棉籽拥挤排列不当、营养不足造成的。钵内播种量过大，出苗时幼茎纤细还极易缠绕成团形成球状苗。
